Родился 6 октября 1958 г. в г. Ангарске Иркутской области. В 1975 г., после окончания средней школы, поступил и один год учился на факультете «Автоматизация химических процессов» в Иркутском политехническом институте.
Летом 1976 г., после сессии, забрал документы и поступил в Иркутский медицинский институт, окончив его в 1982 г. по специальности «лечебное дело».
Во время обучения в институте в течение четырёх лет активно занимался в кружке общей и оперативной хирургии и топографической анатомии. В 1980 г. в соавторстве со студентами В. Зелениным и О. Королёвым занял 1-е место в конкурсе научных работ на ежегодной вузовской студенческой научной конференции. После получения диплома и окончания интернатуры по хирургии 4 года работал ординатором-хирургом в МСО-28 г. Ангарска.
В 1987–1990 гг. обучался в очной аспирантуре на кафедре факультетской хирургии ИГМИ, после окончания которой защитил кандидатскую диссертацию на тему «Рефлюкс-гастрит при хронической дуоденальной непроходимости».
С 1 апреля 1990 г. и вплоть до избрания заведующим кафедрой факультетской хирургии ИГМУ (2001 г.) работал на этой кафедре ассистентом.
19 мая 2000 г. защитил докторскую диссертацию на тему «Функциональные нарушения двенадцатиперстной кишки у больных с патологией органов гепатогастродуоденальной зоны».
1 февраля 2004 г. приказом главного врача Факультетских клиник ИГМУ назначен на должность директора хирургической клиники.
21 октября 2004 г. на учёном совете ИГМУ избран в звании профессора, 15 декабря этого же года утверждён в этом звании Министерством образования Российской Федерации.
Хирург высшей квалификационной категории, член Ассоциации хирургов Иркутской области, заместитель главного редактора «Сибирского медицинского журнала».
С 2006 г. – проректор по учебной работе ИГМУ.
Профессор А.В. Щербатых – автор и соавтор более 400 научных и учебно-методических работ, в том числе 7 монографий и 5 учебных пособий, утверждённых УМО, 2 авторских свидетельств и 13 патентов на изобретения Российской Федерации.
Отмечен Благодарностью (2018) и Почётной грамотой (2019) министра здравоохранения Российской Федерации, Почётной грамотой губернатора Иркутской области (2009), Благодарностью депутата Государственной Думы Федерального Собрания РФ С.Ю. Тена, Серебряным почётным нагрудным знаком Республики Бурятия (2014), Почётной грамотой Республики Саха (Якутия) (2009), Памятной медалью «В память 350-летия Иркутска». Ветеран труда (2018).
Заслуженный работник здравоохранения Монголии.
Под его редакцией издано учебное пособие для врачей «Основные аспекты инфузионно-трансфузионной терапии на современном этапе», учебное пособие для студентов «Клинические лекции по факультетской хирургии со стандартами лечебно-диагностической помощи при острой хирургической патологии – часть 1» и «Клинические лекции по хирургии – часть 2», «Клинические лекции по онкологии» и др. Является руководителем 6 кандидатских диссертаций.
